Prawo do odliczenia podatku naliczonego od zakupu towarów i usług przysługuje podatnikom VAT jedynie wówczas, gdy dany zakup ma związek z wykonywanymi przez podatników czynnościami opodatkowanymi. Przede wszystkim należy więc stwierdzić, czy wydatki związane z przedmiotem najmu związane są z wykonywaniem czynności opodatkowanych. Jeżeli odpowiedź jest twierdząca, należy ustalić moment odliczenia VAT.

Co do zasady prawo do odliczenia podatku naliczonego przez nabywcę usługi związane jest ze spełnieniem dwóch podstawowych warunków:

1) z otrzymaniem faktury dokumentującej daną usługę, oraz

2) z wykonaniem usługi.

W przypadku usług najmu wystarczającą przesłanką umożliwiającą najemcy odliczenie podatku naliczonego od nabywanej usługi najmu, jest otrzymanie faktury VAT dokumentującej tę usługę. Nie jest wymagane spełnienie warunku wykonania usługi. Tak wynika z art. 86 ust. 12a ustawy o VAT.

Tak więc najemca, który reguluje czynsz określony w umowie najmu, a najem ten ma związek z prowadzoną działalnością opodatkowaną ma prawo do odliczenia podatku naliczonego z tytułu zakupionej usługi wraz z otrzymaniem faktury VAT.

Nieco inaczej będzie, jeżeli najem jest w celu zapewnienia mieszkań dla pracowników. Otóż w takim przypadku sama usługa najmu korzysta ze zwolnienia z VAT (art. 43 ust. 1 pkt 36 ustawy o VAT), czyli VAT z umowy najmu nie wystąpi. W konsekwencji można zatem przyjąć, że wszelkie wydatki związane z urządzeniem czy eksploatacją (np. opłaty za media) takiego mieszkania mają związek z czynnością zwolnioną z VAT, a co za tym idzie - VAT od tych wydatków nie podlega odliczeniu.

Podobne stanowisko przedstawił Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy w interpretacji indywidualnej z 18 kwietnia 2008 r., nr ITPP2/443-52/08/AK.

Zatem, co do zasady, należy przyjąć, że VAT od wydatków związanych z najmem mieszkania dla pracowników nie podlega odliczeniu.