Z przepisów Ordynacji podatkowej nie wynika wprost, że zwrot nadwyżki VAT nie może zostać zaliczony na poczet bieżących lub przyszłych zobowiązań podatkowych podmiotu innego niż podatnik, który uzyskał do niej prawo. Tak uznał WSA w Warszawie w wyroku z dnia 21 czerwca 2011 r., sygn. akt VIII SA/Wa 240/11 (orzeczenie nieprawomocne).

rys. Zaliczenie VAT na podatek dochodowy wspólników

Zanim kwota nadwyżki podatku naliczonego nad należnym zostanie przekazana na rachunek bankowy podatnika, organ podatkowy bada, czy podatnik posiada zaległości podatkowe. W pierwszej kolejności kwota zwrotu zaliczana jest bowiem z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę oraz bieżących zobowiązań podatkowych. Dopiero w przypadku ich braku, urząd dokonuje zwrotu podatku na wskazany przez podatnika rachunek bankowy.

Podatnik może jednak złożyć wniosek o zaliczenie kwoty zwrotu w całości lub w części na poczet bieżących lub przyszłych zobowiązań podatkowych.

Z tego rozwiązania korzystała spółka cywilna, występując co miesiąc z wnioskiem do urzędu skarbowego o przeksięgowanie części zwrotu VAT na poczet podatku dochodowego od osób fizycznych każdego z jej wspólników. Wnioski spółki w tej sprawie początkowo były uwzględniane przez organ I instancji, który jednak później zakwestionował ten sposób rozliczeń.

Spółka nie zgadzając się z rozstrzygnięciem fiskusa złożyła skargę do WSA, który uznał, że zasługuje ona na uwzględnienie. Według Sądu, wykładnia przepisów podatkowych nie może prowadzić do wniosku, że ustawodawca nakłada na podatników obowiązki niemożliwe do spełnienia lub całkowicie nieracjonalne. Taka sytuacja może natomiast wystąpić wówczas, gdy zgodnie działający wspólnicy spółki cywilnej na mocy obowiązujących przepisów pozbawieni zostaliby możliwości regulowania swoich zobowiązań podatkowych, tylko z tej przyczyny, że Skarb Państwa korzystałby równocześnie z należnej im kwoty (przysługującego spółce zwrotu VAT).