Przepisy ustawy o VAT nie normują sytuacji, w której w trakcie prowadzonej działalności podatnik zmienia miejsce jej wykonywania, miejsce zamieszkania bądź siedzibę. Zagadnienie to, co do zasady, reguluje natomiast przepis art. 18 § 1 Ordynacji podatkowej, który stanowi, iż w sytuacji gdy w trakcie roku podatkowego lub określonego w odrębnych przepisach innego okresu rozliczeniowego nastąpi zdarzenie powodujące zmianę właściwości miejscowej organu podatkowego, organem podatkowym właściwym miejscowo za ten okres rozliczeniowy pozostaje ten organ podatkowy, który był właściwy w pierwszym dniu roku podatkowego lub okresu rozliczeniowego.

Zgodnie jednak z § 2 tego przepisu, minister właściwy do spraw finansów publicznych upoważniony został do określenia, w drodze rozporządzenia, przypadków w których, w razie zmiany właściwości miejscowej w trakcie roku podatkowego lub okresu rozliczeniowego, właściwym organem podatkowym jest organ inny niż wymieniony w § 1. Korzystając z tej delegacji Minister Finansów wydał rozporządzenie z dnia 22 sierpnia 2005 r. w sprawie właściwości organów podatkowych (Dz. U. nr 165, poz. 1371 ze zm.), rozstrzygające (odmiennie od ogólnej reguły) problem określenia właściwości miejscowej dla rozliczania podatku VAT w przypadku zmiany miejsca działalności w trakcie okresu rozliczeniowego.

Uwaga

Organem podatkowym właściwym miejscowo w sprawach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowego za dany okres rozliczeniowy - dla podatników, którzy w trakcie okresu rozliczeniowego zmienili miejsce wykonywania czynności, miejsce zamieszkania lub adres siedziby, wskutek czego właściwy stał się organ podatkowy inny niż dotychczasowy - jest organ podatkowy właściwy dla podatnika z tytułu rozliczeń podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowego w ostatnim dniu tego okresu.

W sytuacji gdy po zakończeniu roku podatkowego lub innego okresu rozliczeniowego nastąpi zdarzenie powodujące zmianę właściwości miejscowej organu podatkowego, organem podatkowym właściwym miejscowo w sprawach dotyczących poprzednich lat podatkowych lub innych okresów rozliczeniowych jest organ właściwy po zaistnieniu tych zdarzeń (art. 18a Ordynacji podatkowej). Odnosząc tę zasadę do powyższego przykładu można zatem stwierdzić, że wszelkie rozliczenia - również te zaległe - spółka, która przeniosła działalność do Poznania, będzie już dokonywała w urzędzie skarbowym w Poznaniu.

Uwaga

W przypadku gdy jeden organ podatkowy wszczął wobec podatnika postępowanie podatkowe bądź kontrolę podatkową, pozostaje on właściwy w sprawie, której to postępowanie lub kontrola dotyczą, nawet jeżeli w trakcie tego postępowania czy kontroli nastąpiło zdarzenie powodujące zmianę właściwości (art. 18b Ordynacji podatkowej).

Ewentualne spory o właściwość między naczelnikami urzędów skarbowych działających na obszarze właściwości miejscowych tego samego dyrektora izby skarbowej rozstrzyga dyrektor tej izby skarbowej, natomiast na obszarze właściwości miejscowej różnych dyrektorów izb skarbowych - Minister Finansów.